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Amparado nos conceitos encontrados na Teoria da Agência e na Governança Corporativa, como aplicada ao setor privado, surge a Governança no setor público. O uso governamental das Tecnologias da Informação e Comunicação possibilita a construção da boa governança, o que pode ser uma explicação para o crescimento dessa tecnologia no âmbito das organizações e administração públicas ao redor do mundo. A governança eletrônica disponta como a dimensão mais avançada nessa temática, criando uma ponte e diminuindo a distância entre governo (agente) e sociedade (principal). Diante da disponibilidade de vários estudos relacionando governança corporativa com o desempenho das empresas privadas e incipiente correspondência do assunto na seara pública, este artigo buscou investigar se melhores práticas de governança eletrônica se relacionam com o desempenho das universidades federais brasileiras (UFES). Para tanto, tendo por base critérios de governança corporativa previamente escolhidos, foram utilizados os indicadores de desempenho das Instituições Federais de Ensino Superior (IFES) confeccionados pelo Tribunal de Contas da União (TCU) e realizada uma análise dos portais das universidades contempladas na amostra. A metodologia adotada para verificar tal relação foi uma regressão censurada, utilizando o índice de governança como variável dependente, e os indicadores como variáveis independentes. O estudo concluiu que a relação entre os indicadores de desempenho e as práticas de governança eletrônica adotadas pelas IFES investigadas não é significante, apresentando um poder explicativo de apenas 24,22%%. Entre as variáveis testadas, a que apresentou maior representatividade, de 82,85%, foi o Grau de Envolvimento Discente com Pós-Graduação, indicando ser a que está sob maior influência das práticas de governança eletrônica. Adicionalmente, verificou-se que algumas universidades não seguem a tendência que o setor público vem galgando, em nível mundial, no que diz respeito à accountability e à transparência dos atos e fatos públicos, tendo muito ainda que se caminhar nesse sentido.