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O senso comum, apoiado em inúmeras denúncias veiculadas na mídia sobre superfaturamentos e fraudes ocorridas na Administração Pública, remete à ideia de que os órgãos desse setor não possuem mecanismos suficientes que visem evitar esses desvios de recurso do Erário. Este artigo possui como objetivo oferecer, através de uma comparação entre um órgão público e os conceitos disseminados pelo COSO, uma contribuição para as pesquisas de controles internos no setor público brasileiro. A pesquisa foi conduzida por meio de um estudo de caso, tendo como unidade de análise o processo de pagamento de pessoal de uma Organização Militar da Marinha. Foi elaborado um instrumento de avaliação, baseado no modelo COSO-I, com o intuito de verificar o nível de harmonização do sistema de controle interno da organização com a estrutura teórica, evidenciando as similaridades e diferenças entre eles. Os resultados apontam para um nível de harmonização de 76,58%. Das diferenças encontradas, 71% podem ser explicadas por fatores externos à organização e 29% podem ser explicados pelo modelo interno de gestão, podendo ser convertidos em proximidades com ações executadas na própria organização.