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Esta pesquisa tem como objetivo determinar se variáveis como setor, sistema agroindustrial e região influenciam o desempenho econômico e financeiro das cooperativas agropecuárias. Para tanto, empregou-se testes de diferença de médias das diferentes estratégias de agregação de valor, Mann-Whitney e Kruskal-Wallis, com dados de 31 cooperativas agropecuárias dos estados de São Paulo, Paraná, Santa Catarina e Rio Grande do Sul nos anos de 2008 a 2012. Como resultado, observou-se que as cooperativas agropecuárias da amostra apresentam desempenho econômico e financeiro distintos, e que as variáveis selecionadas podem afetar os resultados das cooperativas. Quando a amostra foi estratificada por região os índices de rentabilidade, valor adicionado e liquidez geral demonstraram diferença significativa, sendo o estado do Paraná e de São Paulo os que mais se diferenciam. Já quando o setor é analisado as diferenças estatísticas encontram-se nos índices de valor adicionado, o que está de acordo com a literatura já que as entidades que processam insumos produzem maior riqueza criada. O sistema agroindustrial foi o fator que levou a maiores diferenças dos índices econômicos e financeiros das cooperativas, evidenciando a diferença entre treze dos quinze índices analisados. Ademais, verificou-se que as cooperativas são homogêneas no que se refere a estrutura de capital, independente da região, setor e sistema agroindustrial que a cooperativa pertença.