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A atuação das Fundações de Apoio, sob o regime de direito privado, no auxílio às Instituições Federais de Ensino Superior (IFES) brasileiras tem apresentado desafios importantes para o estudo científico no Brasil. As Fundações de Apoio são instituições legalmente habilitadas e credenciadas para dar apoio ao desenvolvimento de projetos de pesquisa, ensino e extensão e de desenvolvimento institucional, científico e tecnológico, prestando serviços de gerenciamento administrativo e financeiro para execução desses projetos. Este estudo tem como objetivo central analisar a parceria estabelecidas entre a Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ) e as fundações de apoio credenciadas: Fundação Universitária José Bonifácio (FUJB) e a Fundação Coordenação de Projetos, Pesquisas e Estudos Tecnológicos (COPPETEC) no gerenciamento dos recursos destinados a pesquisa e o ensino. Como ferramenta de gestão a pesquisa foi realizada utilizando-se o Processo de Raciocínio da Teoria das Restrições (TOC) por se tratar de uma metodologia que se preocupa em aprimorar a eficiência no desempenho de um sistema. Os resultados evidenciaram, por meio da aplicação das estruturas lógicas do Processo de Raciocínio, Árvore da Realidade Atual (ARA), Diagrama de Dispersão de Nuvens (DDN), Árvore da Realidade Futura (ARF), Árvore de Pré-Requisitos (APR) e Árvore de Transição (AT), que o Problema Raiz (PR) é a cobranças dos órgãos de controle que geram burocracia na Pesquisa e Desenvolvimento (P&D) e que há viabilidade de diagnosticar os principais problemas do processo de gestão, propor soluções e sugerir planos de ação adequados para solucioná-los.