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Este estudo objetivou identificar a percepção dos gestores sobre os indicadores da qualidade do controle interno das Universidades Federais brasileiras. Realizou-se uma pesquisa descritiva com abordagem quantitativa. A população do estudo compreende as 38 Universidades Federais do Brasil e a amostra 36 universidades, cujos dados necessários para a pesquisa estavam disponíveis. Os dados, referente ao ano de 2014, foram extraídos dos Relatórios de Gestão publicados sob orientação do Tribunal de Contas da União (TCU). Quanto ao procedimento de análise dos dados, utilizou-se a entropia da informação. Os resultados apontaram divergências e convergências de percepções dos gestores. Nas dimensões apresentadas pelo COSO, ambiente de controle e avaliação de riscos tiveram maior quantidade de dispersão de resultados. Enquanto nas dimensões de procedimentos de controle, informação e comunicação e monitoramento, os resultados apontados pela entropia apresentam-se com mais convergência de percepção dos gestores, ou seja, no geral são melhores gerenciadas.