A partir da crise sanitária da Covid-19, a alocação de recursos tornou-se um problema ainda mais desafiador na formulação de políticas públicas. Compreender como os custos se comportaram nesse período pandêmico é importante para reorientar os esforços na gestão fiscal pública. Dessa forma, o presente estudo tem como objetivo investigar o impacto da Covid-19 nos custos municipais do Estado do Rio de Janeiro aplicados na área da saúde. Para alcance do objetivo proposto, o procedimento metodológico envolveu métodos de estatística descritiva, correlação e análise de agrupamento. Os dados dos 92 municípios observados foram obtidos pelos relatórios do Sistema de Informações Contábeis e Fiscais do Setor Público Brasileiro (SICONFI) e do Portal da Transparência do Combate à Covid-19. De acordo com os resultados, aplicando o teste de Wilcoxon, observa-se que os gastos municipais aumentaram significativamente durante o período pandêmico. Por meio do teste de correlação de Spearman, foi possível inferir que o aumento dos casos de infectados pelo vírus impulsionou uma maior demanda dos recursos públicos municipais. Em contrapartida, a aplicação de maiores gastos municipais com a saúde reduziu o número de óbitos pelo vírus. Diferentemente do esperado, o estudo também verificou que o aumento dos gastos municipais não teve relação com a quantidade de vacinas aplicadas nas regiões. Por fim, com o auxílio da análise de agrupamento de K-means, revelou-se que São João da Barra, Quissamã e Maricá apresentaram gastos municipais anômalos em confronto as suas características pandêmicas.